Program Studi Agronomi merupakan salah satu Program Studi yang ada di Fakultas Pertanian Universitas Sam Ratulangi (Unsrat) Manado yang telah diaktifkan kembali berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 223/KPI/I/2016 tentang: “Pembukaan Program Studi Agronomi Program Sarjana Dan Program Studi Proteksi Tanaman Program Sarjana Pada Universitas Sam Ratulangi Di Manado” (Lampiran SK No. 223/KPI/I/2016).
Pengaktifan kembali Progam Studi ini dimaksudkan untuk menjawab kebutuhan pengguna lulusan (stakeholders) terkait SDM profesional dibidang Agronomi. Program Studi Agronomi diaktifkan kembali setelah beberapa tahun mengalami penggabungan bersama dengan Program Studi Proteksi Tanaman dan Program Studi Ilmu Tanah menjadi satu Program Studi, yaitu Program Studi Agroekoteknologi pada tahun 2007.
Program Studi Agronomi Fakultas Pertanian UNSRAT berdiri pada tahun 1984 berdasarkan Surat Keputusan Nomor 48/Dikti/Kep/1984 tanggal 18 Juli 1984 dan mendapat Akreditasi A dengan Surat Keputusan Nomor 0121/Ak-I.1/USBAGR/VIII/1998 tanggal 11 Agustus 1998 dengan masa berlaku sampai dengan 11 Agustus 2003. Pada tahun 2006, Program Studi Agronomi mendapat Akreditasi B berdasarkan Surat Keputusan nomor 019/BAN-PT/Ak-X/S1/XII/2006 dengan masa berlaku sampai dengan 8 Desember 2011 (Lampiran Keputusan Akreditasi Prodi Agronomi).
Program Studi Agronomi memberikan pengetahuan akademik dan ketrampilan kepada Mahasiswa tentang pengelolaan lapang produksi untuk memaksimalkan hasil tanaman dengan memperhatikan efisiensi dan kelestarian sumber daya alam. Program studi ini memberikan kesempatan kepada Mahasiswa untuk mengembangkan ilmu pengetahun dan teknologi dalam hal Ilmu Tanaman, Budidaya Tanaman (pangan, perkebunan dan hortikultura), Pemuliaan Tanaman serta Ekofisiologi Tanaman.
Penerimaan Mahasiswa Baru Program Studi Agronomi telah dimulai pada Semester Ganjil 2017/2018 melalui jalur pendaftaran SBMPTN dan T2 dan sebanyak 22 orang pendaftar diterima sebagai Mahasiswa Program Studi Agronomi Angkatan 2017. Pada Tahun 2018, jumlah Mahasiswa Program Studi Agronomi meningkat menjadi 31 orang yang diterima melalui jalur pendaftaran SMPTN, SBMPTN dan T2 sebagai Mahasiswa Angkatan 2018.